巡护工作由资源保护科具体负责，主要是防止滥扑滥猎野生动物、盗伐和毁坏树木、违法采集药材、破坏林地等现象。保护区设立3处管护站—26公里管护检查站、永翠河管护站、凉水管护站，在全区31个林班落实责任人和包片领导，实行定期和不定期的巡护检查，还与毗邻的的碧水中华秋沙鸭保护区联合巡护执法，严格控制私自入山人员。经过严格管理保护区内的野生动物资源较以前和其他区域明显增加，林政违法案件得到明显抑制，保证了森林资源的安全。